Distant de la ville d’un mille, soit environ 1,6 km, l’assistance aux offices à l'église paroissiale de Brou n'était pas aussi assidue qu’à l’église Notre-Dame.
Ceci favorisa en 1505, le dessein de Marguerite d’Autriche, d’acquérir le prieuré prieuré de Brou pour fonder ici même une église et un couvent dédié à Saint Nicolas de Tolentin, en transférant à l’église de Notre-Dame le titre de cure et d’église paroissiale, ce qui fut acté par une bulle du 6 mars 1505 par le pape Jules II.
Jean de Loriol, évêque de Nice, abbé de Saint-Pons, prit l’engagement de faire construire l’église de Notre-Dame. Il fit démolir l’ancienne église, ne gardant qu’une partie de l’abside. Jean de Loriol décèdera en 1507, avant la fin des travaux qu’il avait fait entreprendre à ses frais.
Il laissa à sa mort 200 écus d’or annuel pour l’achèvement des travaux aux prêtres incorporés. Ceux-ci demandèrent à la ville une aide pour l’achèvement des travaux en demandant une redevance aux habitants, qui avaient déjà à lutter contre la peste, la disette et la lèpre. Ce qui entraina cinquante ans plus tard un procès entre les chanoines et la ville.Les travaux furent arrêtés, le temps passant l’édifice menaçait de s’écrouler, Laurent de Gorrevod, gouverneur de Bresse, prescrivit une assemblée générale.
Deux maitres maçons arrivés à la demande de Marguerite d’Autriche, pour l’église de Brou, sont consultés pour Notre-Dame de Bourg, menaçant de s’écrouler. Leur avis fut de reprendre les voutes, unique moyen de supporter le poids de l’ensemble. Le conseil de la ville était d’accord, alors que les prêtres étaient contre. Après plusieurs dissensions entre les prêtres et le conseil de la ville, il fut retenu que l’on démolirait et reconstruirait après coup, les chapelles existantes pour élever des contreforts l’un au nord, l’autre au midi.
Les travaux de maçonnerie avançaient bon train, et il était grand temps de s’occuper des boiseries. Le marché fut attribué principalement à Terrasson, le plus habile menuisier de Bourg et quelques autres ouvriers de la ville.
La construction de Notre-Dame demandait sans cesse des efforts financiers. Outre les dons importants octroyés par Marguerite d’Autriche, l’archevêque de Lyon, le duc de Savoie, les syndics et le conseil de la ville, des redevances s’imposaient aux habitants.
La Catastrophe.
En 1514, les travaux étant bien avancé, dans la nuit du 1er décembre la majeure partie de l’église s’écroule sous le poids des surévélations. Il eut été bon de retenir l'avis des deux maîtres maçons de Brou.
En 1514, les travaux étant bien avancé, dans la nuit du 1er décembre la majeure partie de l’église s’écroule sous le poids des surélévations. Il eut été bon de retenir l'avis des deux maîtres maçons de Brou.
La stupeur passée les syndics convoque l’assemblée générale, et les six gardes, (représentants de chaque quartier de la ville), réunis près des chapelles de Ste-Madeleine et St Crépin, nommant six représentants chargés de choisir des maitres maçons et charpentiers. Benoît Castin, Denis Gauyères, Claude Charden et Pierre Anchement, vice gérant de maitre Louis de Brou, architecte de Brou, retenu en Flandres jusqu’au printemps. Il fut décidé que tout se ferai d’après son avis.
L’on passe ici, l’épisode de l’érection d’un évêché à Bourg, que Amé Chanlite, médecin du duc de Savoie, avait négocié auprès de ce dernier. L'envoie au Saint Père la somme de 1360 ducas pour l'expédition des bulles. Bourg sera érigé une première fois en éveché à la fin de mai 1515.
Maitre Louis architecte de Brou, signala au début mai 1516 l’urgence de refaire les deux piliers les plus rapprochés du sanctuaire, menaçant l’effondrement prochain de l’église. Devant le manque d’argent l’on se borna a étayer la voute.
L’on passera également ici, l’histoire concernant la marche de plusieurs bandes de Lyonnais sur Bourg, le passage possible en Bresse, d’une partie de l’armée française revenant du duché de Milan.
Tout ceci mettant sur le pied de guerre la Bresse toute entière, mais n’arrêtant pas les travaux de construction de Notre-Dame, hormis les travaux concernant la voute.
Maitre Ranasard, charpentier en chef de l’église de Notre-Dame acheva l’étayage de toute l’église à la mi-mai 1518, permettant ainsi la dépose et la reconstruction des piliers de voute.
Les travaux furent approuvés par maître Louis Van-Boghen, architecte de Brou et Guillaume de Perrin, qualifié de maître d’œuvre de Notre-Dame. Il avait été noté que les pendentifs du sanctuaire composés fragilisaient la voute. Celles-ci sont encore en place grâce à un arc s’appuyant au nord et au midi sur lequel sont scellées les pierres de la clé (photo n° 7).
13 novembre 1521, nouvelle bulle du Pape rétablissant l’évêché de Bourg, qui laissa dans l’indifférence total la Bresse.
En deux fois le fléau de la peste s’invitera en Bresse, laissant le peuple dans la plus lamentable misère. Les six premiers mois de 1522 et de 1523 à février 1524.
Une année de travaux interrompus par la mauvaise grâce des chanoines à payer leur dut pour la construction de Notre-Dame.
Début mai 1527, les travaux reprirent mais pas sans problèmes.
1528 l’église était fermée et couverte, mai 1529 marqua une nouvelle fois le pays par plusieurs calamités ; la sécheresse apportant la famine, la peste reparue, s’ajoutera la guerre dans la conquête de la Bresse par Francois 1er.
Le 4 octobre 1531, eut lieu la remise officielles des clés de l’église de Notre-Dame dans les mains de l’archevêque de Lyon, suite aux menaces de de dernier, pour la prise de Bourg et de Notre-Dame par la force.
Janvier 1534, la bulle du pape Paul III supprima définitivement l’évêché de Bourg entrainant une profonde discorde entre le chapitre et le syndic de la ville, laquelle donna un coup d’arrêt et d’abandon des travaux dont il ne restait que la façade que l'on voulait belle et somptueuse.
Passerons les épisodes de guerres de toutes sortes, la peste et la famine, qui plusieurs fois décimeront nombre d’habitants, l’oppression subie sous le règne de François 1er, et l'invasion bernoise de 1536 dans le duché de Savoie
De cette époque, les travaux de Notre-Dame se limitèrent à la fondation de la première zone de la façade, comprenant les trois portes trinitaires, y compris la galerie qui les surmonte.
La date de 1545 gravée au-dessus de la porte de la contre-nef méridionale, indique l’arrêt des travaux du XVIe siècle.
Philibert-Emmanuel, surnommé Tête-de-Fer, ayant pour parrain et aïeul, Emmanuel, roi du Portugal, deviendra à dix-sept ans, prince de Piémont. Il servira son oncle Charles-Quint à la tète de sa maison militaire. Ses valeurs militaires le conduiront à être nommé gouverneur des Flandres. Il sera duc de Savoie et prince de Piémont.
A son avènement en 1559, il visita ses états et se rendit à Bourg à Notre-Dame. Voyant l’église inachevée, il promit aux syndics et chapitre son aide pour l’achèvement des travaux.
Rappeler en Piémont pour des affaires urgentes, il parti sans réaliser ses promesses.
La venue de Philibert-Emmanuel donna lieu à des fêtes et cérémonies importantes, au point que les sonneurs cassèrent la cloche de l’église. Le prince remédia à cet accident, et l’on utilisa la cloche cassée pour en faire une plus grande et plus lourde dont Marguerite de France, duchesse de Savoie en fut la marraine.
En 1569 les stratégies de l’histoire imposèrent à Philibert-Emmanuel l’édification d’une citadelle à Bourg, retardant d’autant les travaux de Notre-Dame. Le clergé fut taxé d’une somme de 90 000 florins et le pays de Bresse de 16 000 écus.
Une nouvelle invasion de peste jusqu’en 1576, viendra retarder les travaux de la citadelle, obligeant magistrats et gouverneur à abandonner la ville, et au point que les habitants du quartier de Bourgneuf, furent sommer de quitter la ville sous peine d’être pendu ou étranglé (15 juillet 1574).
En 1587, les chanoines décidèrent de réaliser leur vœu, la construction d’un jubilé (jubé) dans l’église Notre-Dame, sur le modèle de Notre-Dame de Brou. Sa construction, entre les piliers entre le chœur et la nef, dura trois années. Ce jubilé ou jubé, n'éxiste plus de nos jours.
Le XVIIe siècle.
En 1600, Bourg assiégé et prise par le duc de Biron. Lors de la défense de la cité, un boulet tiré du fort Saint Maurice s’abattit et brisant la cloche principale la Marguerite de Notre-Dame. La citadelle sera démolie en 1611.
En 1640, la Marguerite toujours pas remplacée, le syndic de Bourg, le sieur Goyffon, alla demander au duc de Longueville, seigneur de Franche-Comté, s’il pouvait lui accorder la grosse cloche de Bourg de Chavannes.
M. de Longueville agréa la demande du syndic, et la cloche fut transportée à Bourg et placée dans la Halle, le clocher de Notre-Dame n’étant toujours pas terminé.
En 1662, les syndics firent apposer des affiches dans les villes de Bourg, Lyon, Châlons, Lons-le-Saunier, Besançon, et d’autres, pour l’adjudication des travaux du clocher.
Fin 1665 les travaux du clocher, des voutes et autres ouvrages furent terminés et examinés par des experts.
Hélas en 1670 il fallut à nouveau procéder à des travaux de consolidation sur les contreforts extérieurs qui soutenaient la voûte du chœur et de la grande nef, menaçaient s’entrouvrir et de voir l’ensemble s’effondrer.
En 1675, une terrible épidémie inconnue s’abattit sur Bourg, laissant un grand vide dans la ville. Une somme importante étant entre les mains du trésorier de l’église en 1682, il fut projeté l’achat d’un jeu d’orgue, ainsi que la construction d’une voûte au-dessus des portes pour les y placer.
Voici donc telle est l’église terminée au XVIIe siècle.
Le XVIIIe siècle.
Le XVIIIe siècle marquera de profonds changements dans l’art, et Notre-Dame n’en sera pas exemptée.
Le jubé et stalles qu’avaient fait construire les chanoines en 1587 sera détruit, les stalles hautes seront remplacées, les sols nivelés, des chapelles et tombes relevées, etc…
En 1790, en conformité du décret de l’assemblée nationale, la municipalité de Bourg fit procédée à l’inventaire des biens de l’église collégiale et paroisse de Bourg.
La dissolution du chapitre fit perdre le titre de collégiale à l’église de Notre-Dame. Par un décret d’Albitte tous les clochers durent tomber, et les églises furent destinées à servir de temple à la déesse Raison. La destruction du clocher de Notre-Dame de Bourg venait d’être décrétée par le fougueux Albitte, et il avait même prévu de détruire l’église entière, et de la transformer en temple de la Raison. Une ancienne tradition rapporte que le premier jour de la démolition, un ouvrier tint à l’honneur d’être le premier au sommet du clocher pour commencer sa démolition. Au sommet il secoua fortement la croix de fer qui trônait au sommet du dôme. On ne sait si c’est de vertige, ou un châtiment de Dieu, on le vit tomber et s’écraser sur le parvis du temple.
La venue à Bourg du représentant du peuple Claude-François Boisset, permit de sauver l’église, de restaurer le dôme et la tour du clocher pour y replacer l’horloge.
Le Concordat signé le 15 juillet 1801 permis à la religion catholique de rouvrir ses temples, et Notre-Dame de Bourg rendue à sa destination.
La fête de l’Annonciation de 1802 fut grandement célébrée, et le tableau miraculeux exposé aux fidèles.
La générosité d’un habitant de Bourg, M. Alfred Bon, décédé prématurément légua à la ville la somme de 20 000 francs pour que l’église retrouve la splendeur de son clocher.